気が付けば出てました。
FlashDevelop Beta5。

FlashDevelopでAIRを開発すべく色々と設定を漁ってきましたが、
ついに正式にサポートされたようです。
新規プロジェクトのActionScript3の項目には、

というFlex3用のプロジェクト項目がデフォルトで入るようになりました。

これで、誰でも面倒な設定無しでAIRの開発ができますね。
･･･と、言いたいところですが、
まだ設定を自動で全てやってくれるというところまでは言っていないようです。
なので、手動で設定しましょう。以下2点を設定すれば普通に使えるはずです。

まずはコンパイラです。
「Flex3プロジェクト」や「AIRプロジェクト」といっても、
コンパイラの切り替えを促すようにはなっていないようなので、
FlashDevelopの通常のFlexSDKをFlex2SDKにしている場合には、
Flex3のSDKに設定しなおします。
これは、メニューの「Project」->「Properties」の設定ダイアログから、
「Compiler Options」タブを選択し、
「Custom Path to Flex SDK」の項にFlex３のSDKへのパスを設定しましょう。

続いては、コード補完です。
コード補完用のファイルはデフォルトで付いてくるようになったのですが、
それがなぜかプロジェクトに反映されていません。
これも、メニューの「Project」->「Properties」の設定ダイアログから、
「Compiler Options」タブを選択し、
「Intrinsic Libraries」の項に必要なパスを追加しましょう。
コード補完用のファイルは、(インストールフォルダ)\FirstRun\Library 以下にあります。
例えば、AIRのプロジェクトなら、

の二つを追加すれば、
Flex3のmx系のコード補完と、AIR用のコード補完がきくようになります。

画像は、先日のミニAIRアプリ(13行アプリ)の設定ダイアログです。